بموجب ماده 4 آئين نامه تركيب شوراهايعالي هماهنگي ترابري كشور وظايف و اختيارات آن دبيرخانه شورايعالي هماهنگي تشكيل گرديده و از بدو تشكيل تاكنون مراحل مختلفي را بابت جايگاه سازماني خود در حوزه هاي مختلف پشت سرگذارده است از جمله استقرار در؛ سازمان هماهنگي ترابري (سابق)، ستاد وزارتخانه (حوزه‌هاي معاونت برنامه‌ريزي و مجلس، معاونت برنامه‌ريزي و هماهنگي، معاونت حمل و نقل)، سازمان حمل و نقل و پايانه‌هاي كشور و هم‌اكنون در ستاد وزارتخانه (حوزه معاونت اقتصاد حمل و نقل) مستقر مي‌باشد و معاون اقتصاد حمل و نقل وزارت راه وترابري، مسئوليت دبيري شورايعالي هماهنگي ترابري كشور را برعهده دارد. به تبع تحولاتي كه در جهت جابجائي دبيرخانه شورا صورت گرفته ساختار و شرح وظايف آن نيز متحول گرديده و برمبناي مقتضيات كنوني كشور و بخش حمل و نقل شكل گرفته است.